一、私立高級中等學校辦理方式說明：
1、一年級第一學期之新生：
（1）新生第一學期於報到後，由學校至「教育部全國高中職助學補助系統」(https://svhs.ylc.edu.tw/)上傳申請資料，辦理查調作業。
（2）申請高中職免學費方案之新生第一學期得選擇下列方式之ㄧ繳費：
A.學費減去私立高中職學費定額補助(新臺幣5,000元)之金額及其他費用。
B.先繳公立學校學費及其他費用。【僅私立高中齊一學費適用】
C.僅先行繳納除學費外的其他費用。
(3) 學校依查調審核結果印製學費繳費單或退費單，通知學生補繳學費或退還其溢繳之學費。
(4) 學校列冊報主管教育行政機關核撥補助款。
2、其他符合高中職免學費方案申請條件之各學期舊生：上一個學期結束前，學校先行完成學生家戶年所得查調（開學前），再由學校依查調結果，核算申請補助金額及學生應繳學費金額，印製繳費清單通知學生繳交，並列冊報主管教育行政機關核撥補助款。
3、為方便家長，每個學校必須提供一種以上免收取手續費之繳費方式。
二、公立高級中等學校(含國立、私立五專前三年學校)辦理方式說明：
1、一年級第一學期之新生：
（1）新生第一學期於報到後，由學校至「教育部全國高中職助學補助系統」上傳申請資料，辦理查調作業。
（2）申請高中職免學費方案之新生第一學期繳費：先行繳納除學費外的費用。
(3) 學校依查調審核結果印製學費繳費單或退費單，通知學生補繳學費或退還其溢繳之學費。
(4)學校列冊報主管教育行政機關核撥補助款。
2、其他符合高中職免學費方案申請條件之各學期舊生：上一個學期結束前，學校先行完成學生家戶年所得查調（開學前），再由學校依查調結果，核算申請補助金額及學生應繳學費金額，印製繳費清單通知學生繳交，並列冊報主管教育行政機關核撥補助款。
3、為方便家長，每個學校必須提供一種以上免收取手續費之繳費方式。
就讀私立高中職學生可以申請原有私立高級中等學校學生學費定額補助，每學期補助5,000元（設籍直轄市政府之私立高中職補助，從其規定）。
1、重讀(復學)的學生不論是重讀原學校或轉學他校重讀原年級，只要是原學期已領有本項補助者，不得再提出申請；延長修業年限之學期，亦不得再提出申請。
2、如原學期僅領有定額補助或私立高中學費差額補助，重新修習原學期時符合高中職免學費方案補助之條件，且原學期已領補助額度低於高中職免學費方案補助額度者，仍得申請高中職免學費方案補助與「已領之定額補助或加額補助」或「私立高中學費差額補助」之差額補助。
1、不行。同時具符合其他規定領取政府公費就學補助或學費減免優待者，應擇優擇一適用，不再重複請領；除相關法令另有規定外，不得再申請高中職免學費方案之學費補助。
2、例如：
(1)甲生已申領人事行政局公教子女補助者（高中13,500元；高職18,900元），則不可再申請高中職免學費方案各項補助。
(2)乙生已申領低收入戶學雜費減免27,310元，則不可再申請高中職免學費方案各項補助。
(3)丙生已申領農委會農漁民子女獎助學金5,000元，定額補助5,000元可以請領。
【該項補助不排除教育代金(定額補助)】
高級中等學校學生，符合一定條件者，免納學費。但未具有中華民國國籍 、重讀及符合第三十六條第一項私立學校之學生，不適用之。 前項免納之學費，由政府編列預算補助學生。公立高級中等學校學生，由 各校於註冊時逕免繳納；私立高級中等學校學生，由各校於註冊時免予繳 納後，造具清冊函報各該主管機關請撥經費。
高級中等學校學生，符合一定條件者，免納學費。但未具有中華民國國籍、重讀及符合第三十六條第一項私立學校之學生，不適用之。 前項免納之學費，由政府編列預算補助學生。公立高級中等學校學生，由各校於註冊時逕免繳納；私立高級中等學校學生，由各校於註冊時免予繳納後，造具清冊函報各該主管機關請撥經費。
適用本方案免學費實施對象之學生，自實施學期起，即不需繳交學費。但雜費、代收代付費（實習實驗費、電腦實習費、宿舍費等）及代辦費（平安保險費、家長會費、書籍費、冷氣費等）仍應依原有規定繳交。