一、私立高級中等學校辦理方式說明：
1、一年級第一學期之新生：
（1）新生第一學期於報到後，由學校至「教育部全國高中職助學補助系統」(https://svhs.ylc.edu.tw/)上傳申請資料，辦理查調作業。
（2）申請高中職免學費方案之新生第一學期得選擇下列方式之ㄧ繳費：
A.學費減去私立高中職學費定額補助(新臺幣5,000元)之金額及其他費用。
B.先繳公立學校學費及其他費用。【僅私立高中齊一學費適用】
C.僅先行繳納除學費外的其他費用。
(3) 學校依查調審核結果印製學費繳費單或退費單，通知學生補繳學費或退還其溢繳之學費。
(4) 學校列冊報主管教育行政機關核撥補助款。
2、其他符合高中職免學費方案申請條件之各學期舊生：上一個學期結束前，學校先行完成學生家戶年所得查調（開學前），再由學校依查調結果，核算申請補助金額及學生應繳學費金額，印製繳費清單通知學生繳交，並列冊報主管教育行政機關核撥補助款。
3、為方便家長，每個學校必須提供一種以上免收取手續費之繳費方式。
二、公立高級中等學校(含國立、私立五專前三年學校)辦理方式說明：
1、一年級第一學期之新生：
（1）新生第一學期於報到後，由學校至「教育部全國高中職助學補助系統」上傳申請資料，辦理查調作業。
（2）申請高中職免學費方案之新生第一學期繳費：先行繳納除學費外的費用。
(3) 學校依查調審核結果印製學費繳費單或退費單，通知學生補繳學費或退還其溢繳之學費。
(4)學校列冊報主管教育行政機關核撥補助款。
2、其他符合高中職免學費方案申請條件之各學期舊生：上一個學期結束前，學校先行完成學生家戶年所得查調（開學前），再由學校依查調結果，核算申請補助金額及學生應繳學費金額，印製繳費清單通知學生繳交，並列冊報主管教育行政機關核撥補助款。
3、為方便家長，每個學校必須提供一種以上免收取手續費之繳費方式。
就讀私立高中職學生可以申請原有私立高級中等學校學生學費定額補助，每學期補助5,000元（設籍直轄市政府之私立高中職補助，從其規定）。
1、重讀(復學)的學生不論是重讀原學校或轉學他校重讀原年級，只要是原學期已領有本項補助者，不得再提出申請；延長修業年限之學期，亦不得再提出申請。
2、如原學期僅領有定額補助或私立高中學費差額補助，重新修習原學期時符合高中職免學費方案補助之條件，且原學期已領補助額度低於高中職免學費方案補助額度者，仍得申請高中職免學費方案補助與「已領之定額補助或加額補助」或「私立高中學費差額補助」之差額補助。
1、不行。同時具符合其他規定領取政府公費就學補助或學費減免優待者，應擇優擇一適用，不再重複請領；除相關法令另有規定外，不得再申請高中職免學費方案之學費補助。
2、例如：
(1)甲生已申領人事行政局公教子女補助者（高中13,500元；高職18,900元），則不可再申請高中職免學費方案各項補助。
(2)乙生已申領低收入戶學雜費減免27,310元，則不可再申請高中職免學費方案各項補助。
(3)丙生已申領農委會農漁民子女獎助學金5,000元，定額補助5,000元可以請領。
【該項補助不排除教育代金(定額補助)】
私立高中學生可以申請原有私立高級中等學校學生學費定額補助，每學期補助5,000元（設籍直轄市政府之私立高中職補助，從其規定），如有轉學、轉科、重讀、留級、重修情形，其於重複就讀之年級，不得再申請補助，每生在學期間最多補助6學期。
1、本方案採計家戶年所得（含年利息所得）及不動產資料，係以註冊日前1個月財稅資料中心提供最新資料為準。
2、家戶之計算方式如下：
（1）學生未婚者，家戶採計學生及其父母二人（或法定監護人）。
（2）學生已婚者，家戶採計學生及其配偶。
(3) 學生成年且未婚，為其與父母合計之家庭所得總額；其父母離婚者，為其與父或母之ㄧ方合計之家庭所得總額。
（4）學生成年且未婚，而其父母均死亡者，為其本人之所得總額。
（5）學生離婚或其配偶死亡者，為其本人之所得總額。
3、特殊個案之處理：
學生有家庭遭逢變故，家中現況與財稅資料中心資料顯有差異者，得自行檢附向稅務機關申領之所得及不動產相關資料逕送學校複審。
1、如果某私立高中職經主管教育行政機關核定參加彈性收費試行措施，或因評鑑績優而經主管教育行政機關核定提高學費收費額度，以致於該校的學費收費額度高於主管教育行政機關公告之當學年度私立學校學費標準上限時，則本方案之實際補助額度，分項說明如下：
(1)「高職免學費」：仍為主管教育行政機關公告之當學年度「學校學費標準上限」。
(2)「公私立高中學費」：仍為主管教育行政機關公告之當學年度「私立學校學費標準上限」與「公立學校學費標準」之差額。
例：
(1)以100學年度教育部主管之高職（非藝術類科）為例，教育部公告之私立高職學費標準為1萬3,220元至2萬2,530元，如前項所述，申請本方案之最高補助額度為2萬2,530元。
如果某私立高職（非藝術類科）甲校因評鑑績優，而經教育部核定提高其學費額度至2萬5,080元（高於教育部公告收費標準之上限2萬2,530元），則甲校學生申請本方案之補助額度，仍為前述最高補助額度2萬2,530元。
(2)以100學年度教育部主管之普通高中為例，教育部公告之國立普通高中的學費標準為 6,240元，私立普通高中的學費標準為1萬2,170元至2萬2,800元，如前項所述，申請本方案之最高補助額度為1萬6,560元。
如果某私立普通高中乙校因評鑑績優，而經教育部核定提高其學費額度至2萬5,080元（高於教育部公告收費標準之上限2萬2,800元），則乙校學生申請本方案之補助額度，仍為前述最高補助額度1萬6,560元。
2、如果某私立高中職在主管教育行政機關公告之收費標準範圍內另訂較低之學費收費額度，則本方案之實際補助額度，分項說明如下：
(1)「高職免學費」：為「該私立學校所訂較低之學費額度」。
(2)「公私立高中學費」：為「該私立學校所訂較低之學費額度」與主管教育行政機關公告「公立學校學費標準」之差額。
例：
(1)以100學年度教育部主管之高職（非藝術類科）為例，教育部公告之私立高職學費標準為1萬3,220元至2萬2,530元。
倘某私立高職（非藝術類科）A校在在前開收費標準範圍內，自訂該校之學費收費額度為2萬元，則A校學生申請本方案之補助額度即為2萬元。
(2)以100學年度教育部主管之普通高中為例，教育部公告之私立普通高中的學費標準為1萬2,170元至2萬2,800元。 倘某私立普通高中B校在前開收費標準範圍內，自訂該校之學費收費額度為2萬元，則B校學生申請本方案之補助額度為1萬3,760元，計算如下：
補助額度＝2萬元（B校於規定範圍內自訂較低之學費額度）－6,240元（國立普通高中學費標準） ＝1萬3,760元
請參見該網站：http://www.ntpc.edu.tw/faq//?parent_id=10093&type_id=10093
適用本方案免學費實施對象之學生，自實施學期起，即不需繳交學費。但雜費、代收代付費（實習實驗費、電腦實習費、宿舍費等）及代辦費（平安保險費、家長會費、書籍費、冷氣費等）仍應依原有規定繳交。